Gazda-patogén Interakció és Mikrobiális Genomika Csoport - Dr. Kiss János

Utolsó frissítés: 2017. április 13. csütörtök Megjelent: 2012. február 15. szerda

 

 

 dallmann geza

Főosztály:
Beosztás:
Telefon:
Szoba:
E-mail:
Researcher ID:

Genetika
Tudományos főmunkatárs,
+36-28-526-202
206
Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.
http://www.researcherid.com/rid/D-5193-2012

 

 

 

 

 dallmann geza

Főosztály:
Beosztás:
Telefon:
Szoba:
E-mail:
Researcher ID:

Genetika
Tudományos főmunkatárs,
+36-28-526-202
206
Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.
http://www.researcherid.com/rid/D-5193-2012

 

 

tudomanyos eletpalya

 

Tudományos Életpálya

 

Csoportvezető (2015-)
Tudományos főmunkatárs, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóközpont (2011 –)
Tudományos munkatárs, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóközpont (2000 – 2011)
Tudományos segédmunkatárs, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóközpont (1993 – 2000)
Ph.D. – Biológia, Eötvös Loránd Tudományegyetem, Budapest (2000)
M.Sc. – Biológus Szak, Eötvös Loránd Tudományegyetem, TTK, Budapest (1993)

 

Ösztöndíjak:

MTA TMB (1993-1996)
MTA Bolyai Ösztöndíj (2002-2005)
EMBO Short Term Fellowship (2004)
MTA Bolyai Ösztöndíj (2009-2012)

Tanulmányutak:

Abteilung Mikrobiologie, Biozentrum, Basel (1997, 1998, 1999, 2000, 2001)
Laboratoire de Microbiologie et de Genetique Moleculaire, CNRS, Toulouse (2004)
Inst. of Toxicology and Genetics, Forschungszentrum, Karlsruhe (2004)

 

kutatas

 

Kutatási terület

 

A baktériumok változékonysága és az ebből fakadó igen gyors evolúciójuk komoly kihívást jelent a kutatók, valamint a mezőgazdaság, a humán és állategészségügy és a környezetvédelem szereplői számára is. A genomi szigetek, plazmidok és más mobilis genetikai elemek meghatározó szerepet játszanak a patogenitási faktorok és az antibiotikum rezisztencia gének terjedésében, ezáltal a bakteriális adaptáció és evolúció folyamataiban. Kutatásaink célja ezen folyamatok detektálása, molekuláris mechanizmusaik és szabályozásuk megismerése klasszikus és molekuláris genetikai módszerekkel, valamint genomikai megközelítéssel. Jelenleg kiemelt figyelmet fordítunk a Salmonella genomi sziget mobilizációjára, horizontális terjedése molekuláris hátterére és ennek szabályozási folyamataira. Emellet kutatásaink kiterjednek olyan Salmonella serovariánsokra is, melyek terjedése napjainkban zajlik és potenciálisan patogénné válhatnak. Kutatásainkra alapozva olyan baktériumtörzsek fejlesztését is kívánatosnak tartjuk, amelyek akár az ipar, a mezőgazdaság, az állategészségügy és a környezetvédelem területén is alkalmazást nyerhetnek.

 

 

Kutatási témák

 

A Salmonella genomi sziget 1 genetikája, evolúciója és horizontális terjedése.

A genomi és patogenitási szigetek tekintélyes hányadát teszik ki a prokarióták un. járulékos genomjának. E szigetek mobilitásukkal és genetikai felépítésük változékonyságával jelentősen hozzájárulnak a bakteriális genomok plaszticitásához, ezen keresztül a baktériumok gyors evolúciójához.

01

Az 1990-es években elterjedt multirezisztens Salmonella Typhimurium törzsekben azonosított Salmonella genomi sziget 1 (SGI1) kiváló modellje a genomi szigetek kutatásának. Az SGI1 és variánsai mára számos patogén Salmonella szerovariánsban megjelentek, így komoly humán- és állategészségügyi kockázatot jelentenek. Mindezek ellenére az SGI1 horizontális terjedésének molekuláris mechanizmusai és a sziget-gazda baktérium kapcsolatok jórészt felderítetlenek.

 

02

Kutatásaink az SGI1 horizontális terjedési mechanizmusaira (helyspecifikus rekombináció, konjugáció), az ebben részt vevő IncA/C plazmidokkal való kooperációjára, valamint a sziget eredetére és evolúciójára (variánsok keletkezése) irányulnak. Emellett tanulmányozzuk a sziget és gazda baktériuma közötti kapcsolatokat, különösen a szigetnek a Salmonella patogenitásában és fitneszében játszott feltételezett szerepét, valamint a sziget terjedését élő állat bélflórájában. A kutatásban együttműködő partnerünk az MTA ÁOTKI Enterális bakteriológia és alimentáris zoonózis csoportja.


 

Harmadik generációs szekvenáló rendszer tesztelése

Csoportunk 2014. óta résztvevője az Oxford Nanopore Technologies Ltd. által fejlesztett MinIon szekvenálókészülék teszt programjának (MinIon Access Program – MAP). A készülék alig nagyobb egy pendrive-nál és USB porton keresztül csatlakozik a számítógéphez. A DNS szekvencia leolvasása egy fehérje póruskomplexen való áthaladás közben az átfolyó ionáram változásának detektálásával történik, lényegében egymolekulás szekvenciameghatározás zajlik 512 egyedi csatornán keresztül. A technológia egyik előnye, hogy akár 20-50 kb (!) méretű egyedi readeket is képes generálni, ami jelentősen megkönnyíti a szekvenciák kontigokba szervezését.

 

forrás:Oxford Nanopore,https://www.nanoporetech.com/

 

Csoportunk a program keretében jelenleg az IncA/C plazmidcsalád egyes multirezisztens tagjainak szekvenálásán dolgozik, melyek ~160-170 kb méretű egykópiás konjugatív plazmidok és igen sok IS elemet hordoznak, ami miatt az új generációs szekvenálási módszerekkel nyerhető 2-300 bp hosszú readekből összeállított kontigok sorrendje nem állapítható meg. A teszt fázisban a MinIon szekvenáló készülékkel nyert hosszú readeket ebben a munkában alkalmazzuk. Reményeink szerint a további fejlesztésekkel párhuzamosan a szekvenálási kapacitások is bővülnek majd.

Antibiotikum rezisztens baktériumok kialakulása és a transzpozíció kapcsolata.

Az inszerciós szekvenciák olyan mobilis elemek, melyek képesek a gazda genomon belül áthelyeződni sőt akár nagyobb léptékű genomátrendeződéseket generálni, továbbá fontos szerepet játszanak a horizontális géntranszferben, így gyakran antibiotikum rezisztencia gének (AR) terjedésében is. Az AR kialakulása azóta problémát jelent a gyógyításban, mióta az első antibiotikumok széles körben elérhetővé váltak. Az AR gének elterjedésében az inszerciós szekvenciák, transzpozonok fontos szerepet töltenek be, mivel képesek az AR génekkel együtt olyan vektorokba, pl. konjugatív plazmidokra áthelyeződni, melyek horizontális transzfer révén más baktériumokba is átjuthatnak.

 

03

Az AR gének áthelyeződése patogén baktériumokba (az ábra az EU CRAB project alapján készült). Az ábra összefoglalva szemlélteti a rezisztenciagének mobilizálódásának útvonalait: az integron kazetták mozgását és cserélődését, a transzpozíciós mechanizmusokat, a baktériumok közötti konjugációt és az AR-t hordozó plazmidok stabilizálódását.
 

Transzpozonokkal kapcsolatos kutatásaink nagy része egy Escherichia coliban „honos” IS elemre, az IS30-ra irányul. Az elem transzpozíciója során először egy körré zárt forma keletkezik, majd ez a transzpozon kör integrálódik a cél-DNS-be. A körré zárt elem vég-vég kapcsolódása transzpozáz jelenlétében instabil, nagy gyakorisággal okoz inszerciókat, deléciókat és inverziókat. A folyamatok molekuláris szintű feltárásával nyilvánvalóvá vált, hogy ez a „copy out-paste in” mechanizmus a legelterjedtebb az IS elemek körében. Kimutattuk, hogy az optimális transzpozícióhoz a transzpozáz és a fordítottan ismétlődő végszekvenciák mellett egyéb, szubterminális DNS motívumok is szükségesek, melyek elsősorban a transzpozon kör képződésében játszanak szerepet. Mivel az elem körré zárt formájának képződése egy Holliday-junction-hoz hasonló, de nicket is tartalmazó struktúra megoldódásán keresztül történik, várható, hogy ez a gazda sejt számos repair folyamatára hatással van. Kutatásaink további célja ennek a transzpozon-gazdasejt kapcsolatnak a vizsgálata.

Multirezisztens Salmonella Infantis törzsek genomanalízise, evoluciója és patogenetikai profilja (együttműködő partnerként részvétel MTA ÁOTKI Enterális bakteriológia és alimentáris zoonózis csoportja projektjében)
Számos Salmonella törzs az állatorvosi gyakorlatban és a humán egészségügy számára egyaránt komoly kockázatot jelent. Korábbi és jelenlegi vizsgálatok kimutatták, hogy a S. Infantis törzsek a 90-es évek óta jóval szélesebb körű elterjedést mutatnak, ami növekvő gyakoriságú antibiotikum rezisztenciával is együtt jár. Célunk a rezisztens S. Infantis törzsek gyors és feltehetőleg klonális terjedésének a genetikai hátterét megismerni. Ennek érdekében genomszekvenálásokat hajtottunk végre és vizsgáljuk régi és újonnan izolált törzsek közötti különbségeket. Választ keresünk arra, hogy milyen genetikai átrendeződések állnak az új törzsek terjedésének hátterében (plazmidok, transzpozonok, integronok megszerzése), megjelentek-e új genomi vagy patogenitási szigetek; milyen változások következtek be az újonnan izolált törzsek genomi vagy patogenitási szigeteiben. Az esetleges nagyléptékű különbségek (plazmidok, genomi szigetek megjelenése) vizsgálatára genom manipulációra alkalmas eszközöket fejlesztettünk, melyek alkalmazása választ adhat a felvetett kérdésekre. Ezen kutatások betekintést nyújtanak a rezisztens klónok kialakulásába, evolúciójába és reményeink szerint terjedési sikerük okait is jobban megérthetjük.

 

04

A bélbolyhok felszínén megtelepedett baktériumok

Kutatásainkat támogatja:

OTKA

K 105635 A Salmonella Genomi Sziget 1 (SGI1) molekuláris genetikája és ökológiája: a mobilitás, a terjedés és a patogenetikai jelentőség rejtelmei (2012-2017)

K 101546 Előtérbe nyomuló multirezisztens Salmonella Infantis törzsek evolúciója és pathogenetikai profilja (2012-2016)


allas

 


Munkalehetőségek

 

A témák iránt érdeklődő szakdolgozó jelöltek jelentkezését várjuk csoportunkba.
A jelentkezéseket a Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát. címre kérjük küldeni.

Csoporttagok

 

A csoport tagjai

 

 

szabo monika Név:
Intézet:
Beosztás:
Telefon:
Iroda:
E-mail:
Dr. Szabó Mónika
Genetika
Tudományos munkatárs
+36-28-526-202
206
Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.



Tanulmányi Életpálya

 

Tudományos munkatárs, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóközpont
(2007 –)
Tudományos segédmunkatárs, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóközpont (1998 – 2007)
Ph.D. – Biológia Tudományi, Szent István Egyetem, Gödöllő (2007)
M.Sc. - Agrármérnök, Gödöllői Agrártudományi Egyetem, Mezőgazdaságtudományi Kar, Gödöllő (1998)
 

Ösztöndíjak: MTA Bolyai Ösztöndíj (2009-2014)
Tanulmányutak: Abteilung Mikrobiologie, Biozentrum, Basel (2000)
IGBMC/CNRS, INSERM, Strasbourg (2000, 2001)
Inst. of Toxicology and Genetics, Forschungszentrum, Karlsruhe (2003, 2004)

 


 

szabo monika Név:
Intézet:
Beosztás:
Telefon:
Iroda:
E-mail:
Hegyi Anna
Genetika
PhD hallgató
+36-28-526-202
206
Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.

 

Tanulmányi Életpálya

 

PhD hallgató –Eötvös Loránd Tudományegyetem Biológia Doktori Iskola, Genetika Program és Université Francois-Rebelais de Tours (2013- ). Munkavégzés helye: NAIK Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, Gödöllő és INRA, Nouzilly, Franciaország.

Szakdolgozó –  Mikrobiológiai Tanszék, Eötvös Loránd Tudományegyetem, Budapest (2010-2012)

M.Sc. – Biológus szak, Eötvös Loránd Tudományegyetem, TTK, Budapest
(2010-2012)

B.Sc. – Biológia szak, Eötvös Loránd Tudományegyetem, TTK, Budapest
(2007-2010)

 


 

szabo monika Név:
Intézet:
Beosztás:
Telefon:
Iroda:
E-mail:
Murányi Gábor
Genetika
Tudományos segédmunkatárs, PhD hallgató
+36-28-526-202
206
Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.

 

Tanulmányi Életpálya

 

PhD hallgató -Eötvös Loránd Tudományegyetem Biológia Doktori Iskola, Genetika Program (2015-)
Tudományos segédmunkatárs NAIK MBK (2015-)
Intézeti mérnök (Kutatói utánpótlás program 2), NAIK MBK (2014-2015), mentor Dr Kiss János
M.Sc. - Okleveles Biológus Molekuláris Genetika, Sejt-és Fejlődéstudomány szakirány, Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar (2012-2014)
B.Sc. - Biológia BSc, biológus szakirány Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar (2008-2012)

 


 

  Név:
Intézet:
Beosztás:
Telefon:
Iroda:
E-mail:
M. Nagy István
Genetika
Intézeti mérnök
+36-28-526-202
206
Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.

 

Tanulmányi Életpálya

 

2016- PhD hallgató - Eötvös Loránd Tudományegyetem Biológia Doktori Iskola, Genetika Program
Intézeti mérnök (Kutatói utánpótlás program 3), NAIK MBK (2015-), mentor Dr Szabó Mónika
M.Sc. - Biomérnök, Debreceni Egyetem Természettudományi és Technológiai Kar (2013-2015)
B.Sc. - Biomérnök, Debreceni Egyetem Természettudományi és Technológiai Kar (2009-2013)

 


 

Veress Alexandra

silhavy daniel

Főosztály:
Beosztás:
Telefon:
Szoba:
E-mail:

 

Genetika
PhD hallgató
+36-28-526-202
206
Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.

 

Tanulmányi Életpálya
 

2016- PhD hallgató - Eötvös Loránd Tudományegyetem Biológia Doktori Iskola, Genetika Program
2015 - 2016 laboratóriumi asszisztens NAIK Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, Mikrobiológia Labor
M.Sc. - 2016. Mezőgazdasági Biotechnológia, Szent István Egyetem, Gödöllő
B.Sc. - 2014. Biotechnológia, Budapesti Corvinus Egyetem
 


 

Név:
Intézet:
Beosztás:
Telefon:
Iroda:
E-mail:
Sztánáné Keresztúri Erika
Genetika
labor asszisztens
+36-28-526-202
207
Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.

 

publikációk

 

Válogatott tudományos közlemények

 

Wilk T, Szabó M, Szmolka A, Kiss J, Olasz F, and Nagy B (2017) Genome Sequences of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Infantis Strains from Hungary Representing Two Peak Incidence Periods in Three Decades. Genome Announc. 5: e01735-16.doi:10.1128/genomeA.01735-16

Mónika Szabó, Tibor Nagy, Tímea Wilk, Tibor Farkas, Anna Hegyi, Ferenc Olasz, János Kiss (2016) Characterization of Two Multidrug-Resistant IncA/C Plasmids from the 1960s by Using the MinION Sequencer Device. Antimicrob Agents Chemother 60:6780–6786. doi:10.1128/AAC.01121-16.

Gábor Murányi, Mónika Szabó, Ferenc Olasz, János Kiss (2016) Determination and Analysis of the Putative AcaCD-Responsive Promoters of Salmonella Genomic Island 1. PLoS ONE 11(10): e0164561. doi:10.1371/journal.pone.0164561

Wilk T, Szabó M, Szmolka A, Kiss J, Barta E, Nagy T, Olasz F, Nagy B. (2016) Genome Sequences of Multidrug-Resistant Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Infantis Strains from Broiler Chicks in Hungary. Genome Announc. 4(6). pii: e01400-16. doi: 10.1128/genomeA.01400-16.

Kiss, J.,  Papp, P., P., Szabó, M., Farkas, T., Murányi, G., Szakállas E. and Olasz F. (2015) The master regulator of IncA/C plasmids is recognized by the Salmonella Genomic island SGI1 as a signal for excision and conjugal transfer. Nucleic Acids Res.  43 (18): 8735-8745 doi:10.1093/nar/gkv758

Olasz F., Nagy T., Szabó M., Kiss J., Szmolka A., Barta E., van Tonder A., Thomson N., Barrow P., Nagy B. (2015)Genome Sequences of Three Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Infantis Strains from Healthy Broiler Chicks in Hungary and in the United Kingdom. Genome Announc. 3(1). pii: e01468-14. doi: 10.1128/genomeA.01468-14.

Kiss, János,Béla Nagy, Ferenc Olasz,(2012) Stability, entrapment and variant formation of Salmonella genomic island 1. PLo S ONE 7(2): e32497.

Fekete Péter Z., Elzbieta Brzuszkiewicz, Gabriele Blum-Oehler, Ferenc Olasz, Mónika Szabó,Gerhard Gottschalk, Jörg H. Hacker and Béla Nagy (2012) Sequence analysis and comparative pathogenomics of plasmid pTc conferring virulence and antimicrobial resistance for F18+ porcine enterotoxigenic Escherichia coli. Int J Med Microbiol. 2011 Oct 12. [Epub ahead of print] 302, 4-9.

Szabó M., Kiss J., and Olasz F.(2010): Functional organization of the inverted repeats of IS30. J Bacteriol. 2010 Jul;192(13):3414-23. Epub 2010 Apr 23.

Szabó M., Kiss J., Nagy Z.,Chandler M. and Olasz F. (2008): Sub-terminal sequences modulating IS30 transposition in vivo and in vitro. J.Mol.Biol.2008 Jan 11;375(2):337-52. Epub 2007 Oct 23.

Ferg M, Sanges R, Gehrig J, Kiss J,Bauer M, Lovas A, Szabo M,Yang L, Straehle U, Pankratz MJ, Olasz F, Stupka E, Müller F. (2007): The TATA-binding protein regulates maternal mRNA degradation and differential zygotic transcription in zebrafish. EMBO J. Sep 5;26(17):3945-56. Epub 2007 Aug 16;

János Kiss, Zita Nagy,Gábor Tóth, György Botond Kiss, Júlia Jakab, Michael Chandler, Ferenc Olasz:(2007): Transposition and target specificity of the typical IS30 family element IS1655 from Neisseria meningitidis.Molec. Microbiol. 63 (6): 1731-1747 MAR 2007

Nagy Zita,Mónika Szabó,Michael Chandler and Ferenc Olasz(2004): Analysis of the N-terminal DNA binding domain of the IS30 transposase. Molec. Microbiol. 54(2):478-88.

Kiss János, Mónika Szabó and Ferenc Olasz(2003): Site-specific recombination by the DDE-family member IS30 transposase. Proc Natl Acad Sci U S A.(100)25:1500-05.

Olasz Ferenc, Tamás Fischer, Mónika Szabó, Zita Nagy and János Kiss(2003).: Gene conversion in transposition of Escherichia coli elementIS30. J. Mol. Biol. 334/5 967-978.

Szabó Mónika,Ferenc Müller, János Kiss,Carolin Balduf, Uwe Strähle and Ferenc Olasz(2003): Trans-kingdom transposition and gene targeting mediated by the prokaryotic mobile element IS30FEBS Lett. 550(1-3):46-50.

Nagy, Z. Szeverényi, I. Farkas, T. Olasz, F. and Kiss J.(2003): Detection and analysis of transpositionally active head-to-tail dimers in three additional E. coliIS elements. Microbiology 149: 1297-1310

Kiss, J. and Olasz, F.(1999): Formation and transposition of the covalently closed IS30 circle: the relation between tandem dimers and monomeric circles. Molec. Microbiol. 34(1) 37-52

Olasz, F., Kiss, J.,König, P., Buzás, Zs., Stalder, R. and Arber W. (1998): Target specificity of insertion element IS30. Molec. Microbiol. 28(4) 691-704

Olasz, F., Farkas, T., Kiss, J.,Arini, A. and Arber W. (1997): Terminal inverted repeats of insertion sequence IS30 serve as target for transposition. J. Bacteriol. 179:7551-7558

Farkas, T, Kiss J, Olasz F(1996) The construction and characterization of an effective transpositional system based on IS30. FEBS Letters 390:53-58

 

Szabadalom

 

Mónika Szabó, János Kiss, Ferenc Olasz, (ABC, Gödöllő, Hungary), Ferenc Müller, Lászlo Tora, Uwe Strähle (IGBMC, Strasbourg, France). European Patent application, No 01402754.4. Site-directed recombinase fusion proteins and corresponding polynucleotides, vectors and kits, and their uses for site-directed DNA recombination.

blog

 

Copyright 2011 Gazda-patogén Interakció és Mikrobiális Genomika Csoport.
Templates Joomla 1.7 by Wordpress themes free