Alkalmazott Vad és Haszonállat Genomikai Csoport - Stéger Viktor

Utolsó frissítés: 2017. máj. 09. kedd Megjelent: 2017. március 23. csütörtök

 

 silhavy daniel

Főosztály:
Beosztás:

Telefon:
Fax:
Szoba:
E-mail:

 

Genomika
Tudományos főmunkatárs
Csoportvezető
+36-28-526-138
+36-28-526-101
233
Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.

 

 

 

 

 

 silhavy daniel

Főosztály:
Beosztás:

Telefon:
Fax:
Szoba:
E-mail:

 

Genomika
Tudományos főmunkatárs
Csoportvezető
+36-28-526-138
+36-28-526-101
233
Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.

 

 

 

 

tudomanyos eletpalya

 

Tudományos életpálya
 

Csoportvezető, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóközpont (2017. február 1-től)

Tudományos főmunkatárs, Mezőgazdasági Genomikai és Bioinformatikai Csoport, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóközpont (2016-2017)

Tudományos munkatárs, Mezőgazdasági Genomikai és Bioinformatikai Csoport, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóközpont (2011-2016)

PhD - ELTE Biológiai Doktori Iskola (Klasszikus és Molekuláris Genetika program) (2011)

Tudományos segédmunkatárs, Mezőgazdasági Genomikai és Bioinformatikai Csoport, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóközpont (2006-2011)

PhD hallgató, ELTE Biológiai Doktori Iskola (Klasszikus és Molekuláris Genetika program) (2003-2006)

MSc – SZIE MKK, Agrármérnök (2003)

kutatas

 

Kutatási terület

 

Az Alkalmazott Vad és Haszonállat Genomikai Csoport elsősorban emlős és méh genomikai és genetikai kutatásokkal foglalkozik. A genomikán belül fontos célunk az őshonos magyar háziállatok és a fontosabb vadon élő állatok genomszekvenálása, továbbá a genomszekvenciák felhasználása genetikai markerek fejlesztéséhez. A genetikai markereket egyrészt egyed szintű azonosításra, illetve a háziállatok esetében a fajtavédelemhez használható diagnosztikai eljárásokhoz használjuk.

 

Mangalica genom projekt – Sertés és vaddisznó genomika és genetika

A Mangalica egy régi magyar fajta, melynek megőrzése olyan nemzeti prioritás, amit a Földművelésügyi Minisztérium támogat és szabályoz. A Mangalicával kapcsolatos kutatásokra hozta létre hat résztvevő (Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóközpont, Állattenyésztési és Takarmányozási Kutatóintézet, Központi Élelmiszer-tudományi Kutatóintézet, Biomi Kft., Wessling Magyarország Kft., Olmos és Tóth Kft.) a MANGFOOD kutatási konzorciumot, amelyet Nemzeti Fejlesztési Ügynökség támogat.

Még a Mezőgazdasági Genomikai és Bioinformatikai Csoport részeként létrehoztunk és fenntartunk egy sertés vér és szövetminta biobankot, amelyben jelenleg több mint ezer mintát tárolunk különböző sertésfajtákból, nagyrészt Mangalicából, és egyéb háziállatból. Ezek a minták DNS és RNS izolátumok forrásául szolgálnak a konzorcium tagjai számára különböző kutatási projektekhez. Partnereinknél három hím Mangalica valamint egy Duroc egyed genomszekvenciája került meghatározásra Illumina HiSEQ 2000 technológiával. Bioinformatikai módszerekkel több mint 11 Gbp Mangalica szekvenciát illesztettünk a referencia sertés genomra. Az illesztés alapján kb. 11 ezer szerkezeti különbséget azonosítottunk a Mangalica és a referencia genomok között. A kapott Mangalica genomból kiválasztottunk bizonyos géneket, amelyeket több tucatnyi különböző fajtájú sertésből szekvenál egyik partnerünk célzott újraszekvenálással. A Mangalica genomot összehasonlítva különböző sertésfajták genomszekvenciájával azonosítottunk fajta specifikus szerkezeti különbségeket, melyekre olyan DNS próbákat terveztünk és teszteltünk, amelyek biomarkerként szolgálhatnak húsok és azok jelenlétének illetve mennyiségének hústermékekben történő meghatározásához kvalitatív és kvantitatív PCR módszerekkel.

Az eredmények felhasználásával a csoport további markerek fejlesztésén dolgozik más sertésfajtákhoz és vaddisznóhoz is.

 

Gímszarvas genom projekt

A Kaposvári Egyetemmel együttműködve megkezdtük a magyarországi gímszarvas genomszekvenciájának meghatározását. A Kaposvári Egyetem Vagazdálkodási Tájközpontján élő gímszarvas bika egyed szekvenálása történt Illumina HiSEQ 2000 technológiával. A kapott több mint 22 Gbp szekvencia de novo illesztését végeztük; mivel nincs elérhető gímszarvas referencia genom, a szekvenciáinkat az elérhető szarvas genetikai térkép és a szarvasmarha kromoszóma szinténia alapján bioinformatikai módszerekkel kromoszómaszekvenciákká állítottuk össze. Elsőként a mitokondriális genom meghatározását végeztük el, melynek publikálása is megtörtént.

Azonosítottuk a gímszarvas genomban található tandem ismétlődéseket (mikroszatellitek) is, amelyek közül új ivari kromoszómás markerek fejlesztésén dolgozunk jelenleg.

 

Méhészeti genomikai és genetikai vizsgálatok

Az előzetesen felhalmozott bioinformatikai és labor tapasztalatokat szeretnénk a jövőben a méhészeti genetikai és genomikai kutatásokban kamatoztatni. A kutatásokat a gyakorlatban jártas méhészekkel, méhtenyésztőkkel, egyetemekkel együttműködve végezzük; az Országos Magyar Méhészeti Egyesület megbízásában. A rendelkezésre álló minták közül öt magyar mézelő méh egyed genomszekvenciájának meghatározását végeztük Illumina HiSEQ 2000 technológiával. Bioinformatikai módszerekkel több mint 22 Gbp méh szekvenciát illesztettünk a referencia méh genomra. Az illesztés alapján kb. 17 millió szerkezeti különbséget azonosítottunk a méh genomok között.

Ezen különbségek közül elsőként a mitokondriális szekvenciákban található különbségeket kezdtük vizsgálni, az európai mézelő méh valamint az ázsiai méh közötti diagnosztikus különbségek felderítésére. Így olyan markerek fejlesztésén dolgozunk, amelyek real-time PCR segítségével képesek elkülöníteni a két méh fajból valamint az általuk előállított termékekből származó DNS mintákat.

 

Ragadozók genetikai monitoring vizsgálata

Nagyragadozók magyarországi monitoring vizsgálatához kapcsolódva a Szent István Egyetem Vadvilág Megőrzési Intézetével valamint a Bükki Nemzeti Parkkal együttműködve genetikai monitoring vizsgálatokat végzünk különböző állati szövetmintákból, leginkább szőr és ürülék mintákból. A vizsgált ragadozók: i) szürke farkas / kutya / aranysakál; ii) vadmacska házimacska fajkomplex; iii) eurázsiai hiúz és iv) barna medve. A genotipizáláshoz STR (mikroszatellita) markerekből multiplex reakciókat állítottunk össze és optimalizáltunk. Az így kapott egyedi STR profilokkal egyedazonosítást végeztünk, valamint minimális egyedszámot számítottunk. Megfelelő mintaszám elérésénél pedig a populációk genetikai diverzitásának felmérését és az egyedek rokonsági viszonyainak felmérését is elvégezzük.

 

Erdei szalonka genetikai monitoring vizsgálata

A Magyarországon évek óta folytatott erdei szalonka monitoring vizsgálatokhoz kapcsolódva a Szent István Egyetem Vadvilág Megőrzési Intézetével együttműködve genetikai monitoring vizsgálatokat végzünk a begyűjtött erdei szalonka szövetmintákból. A monitoring vizsgálatok során elejtett állatokból származó szövetminták kerültek begyűjtésre, majd egyedi genotipizálásra. A genotipizáláshoz STR (mikroszatellita) markerekből multiplex reakciókat állítottunk össze és optimalizáltunk. Az egyedi STR profilokkal egyedi azonosítást végeztünk, valamint a vonuló állományok diverzitását és struktúráltságát vizsgáltuk.

 

allas

 

 

csoporttagok


A csoport tagjai
 

silhavy daniel

 
Frank Krisztián
Tudományos segédmunkatárs, doktorjelölt
E-mail: Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.


 
Szemethy Dániel
Tudományos segédmunkatárs, doktorjelölt
E-mail: Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.


 
Szepesi Kinga
PhD hallgató
E-mail: Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.


 
Heltai Botond
PhD hallgató
E-mail: Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.


 
Mihalik Bendegúz
PhD hallgató
E-mail: Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.
Fehér Péter Árpád
Intézeti mérnök
E-mail: Ez az e-mail cím a spamrobotok elleni védelem alatt áll. Megtekintéséhez engedélyeznie kell a JavaScript használatát.

 

publikaciok

 

Publikációk

 

2017

Frank K, Bleier N, Tóth B, Sugár L, Horn P, Barta E, Orosz L, Stéger V (2017) The presence of Balkan and Iberian red deer (Cervus elaphus) mitochondrial DNA lineages in the Carpathian Basin. Mammalian Biology 86: 48-55. doi: 10.1016/j.mambio.2017.04.005


2016

Barta E, Bánfalvi Zs, Havelda Z, Hiripi L, Jeney Zs, Kiss J, Kolics B, Marincs F, Silhavy D, Stéger V, Várallyai É (2016) Agricultural genomics: an overview of the next generation sequencing projects at the NARIC - Agricultural Biotechnology Institute in Gödöllő. Hungarian Agricultural Research 25(2): 10-21.

Fábián R, Kanizsai B, Frank K, Bordán J, Kovács A, Egerszegi I, Oláh J, Stéger V, Bodó Sz (2016) Szarvatlan gidák ivarának meghatározása PCR segítségével. Állattenyésztés és Takarmányozás 65(1): 84-89.

Frank K, Barta E, Bana ÁN, Nagy J, Horn P, Orosz L, Stéger V (2016) Complete mitochondrial genome sequence of a Hungarian red deer (Cervus elaphus hippelaphus) from high-throughput sequencing data and its phylogenetic position within the family Cervidae. Acta Biologica Hungarica 67(2): 133-147. doi: 10.1556/018.67.2016.2.2
 

2014

Molnár J, Nagy T, Stéger V, Tóth G, Marincs F, Barta E (2014) Genome sequencing and analysis of Mangalica, a fatty local pig of Hungary. BMC Genomics 15: 761. doi: 10.1186/1471-2164-15-761

Szabolcsi Z, Egyed B, Zenke P, Pádár Zs, Borsy A, Stéger V, Pásztor E, Csányi S, Buzás Zs, Orosz L (2014) Constructing STR Multiplexes for Individual Identification of Hungarian Red Deer. Journal of Forensic Sciences 59(4): 1090-1099. doi: 10.1111/1556-4029.12403
 

2013

Koppányné Sz E, Ujhelyi G, Jánosi A, Mohr A, Szántó-Egész R, Dallmann K, Micsinai A, Zsolnai A, Egerszegi I, Anton I, Tóth G, Molnár J, Stéger V, Marincs F, Tóth P, Rátky J (2013) PCR sokszorozásra alkalmas DNS kivonása különböző mangalica termékekből. Élelmiszer - Tudomány Technológia 1: 12-17.

Koppányné Sz E, Ujhelyi G, Jánosi A, Mohr A, Szántó-Egész R, Dallmann K, Micsinai A, Zsolnai A, Egerszegi I, Anton I, Tóth G, Molnár J, Stéger V, Marincs F, Tóth P, Rátky J (2013) Mangalica termékek kimutatására alkalmas real-time PCR módszer fejlesztése. Élelmiszer - Tudomány Technológia 3: 14-20.

Marincs F, Molnár J, Tóth G, Stéger V, Barta E (2013) Introgression and isolation contributed to the development of Hungarian Mangalica pigs from a particular European ancient bloodline. Genetics Selection Evolution 45: 22. doi: 10.1186/1297-9686-45-22

Molnár J, Tóth G, Stéger V, Zsolnai A, Jánosi A, Mohr A, Szántó-Egész R, Tóth P, Micsinai A, Rátky J, Marincs F (2013) Mitochondrial D-loop analysis reveals low diversity in Mangalica pigs and their relationship to historical specimens. Journal of Animal Breeding and Genetics 130(4): 312-320. doi: 10.1111/j.1439-0388.2012.01014.x

Semsey S, Jauffred L, Csiszovszki Z, Erdőssy J, Stéger V, Hansen S, Krishna S (2013) The effect of LacI autoregulation on the performance of the lactose utilization system in Escherichia coli. Nucleic Acids Research 41(13): 6381-6390. doi: 10.1093/nar/gkt351

Zsolnai A, Tóth G, Molnár J, Stéger V, Marincs F, Jánosi A, Ujhelyi G, Koppányné Szabó E, Mohr A, Anton I, Szántó-Egész R, Egerszegi I, Sipos R, Dallmann K, Tóth P, Micsinai A, Brüssow K-P, Rátky J (2013)  Looking for breed differentiating SNP loci and for a SNP set for parentage testing in Mangalica. Archiv für Tierzucht 56(19): 200-207. doi: 10.7482/0003-9438-56-019

 

2010

Stéger V, Molnár A, Borsy A, Gyurján I, Szabolcsi Z, Dancs G, Molnár J, Papp P, Nagy J, Puskás L, Barta E, Zomborszky Z, Horn P, Podani J, Semsey Sz, Lakatos P, Orosz L (2010) Antler development and coupled osteoporosis in the skeleton of red deer Cervus elaphus: expression dynamics for regulatory and effector genes. Molecular Genetics and Genomics 284(4): 273-287. doi: 10.1007/s00438-010-0565-0

 

2009

Borsy A, Podani J, Stéger V, Balla B, Horváth A, Kósa JP, Gyurján I, Molnár A, Szabolcsi Z, Szabó L, Jakó E, Zomborszky Z, Nagy J, Semsey Sz, Vellai T, Lakatos P, Orosz L (2009) Identifying novel genes involved in both deer physiological and human pathological osteoporosis. Molecular Genetics and Genomics 281(3): 301-313. doi: 10.1007/s00438-008-0413-7

 

2008

Villányi Z, Gyurján I, Stéger V, Orosz L (2008) Plaque based competitive hybridization. Journal of Biomolecular Screening 13(1): 80-84. doi: 10.1177/1087057107310876

 

2007

Gyurján I, Molnár A, Borsy A, Stéger V, Hackler L, Zomborszky Z, Papp P, Duda E, Deák F, Lakatos P, Puskás L, Orosz L (2007) Gene expression dynamics in deer antler: mesenchymal differentiation toward chondrogenesis. Molecular Genetics and Genomics 277(3): 221-235. doi: 10.1007/s00438-006-0190-0

Molnár A, Gyurján I, Korpos E, Borsy A, Stéger V, Buzás Z, Kiss I, Zomborszky Z, Papp P, Deák F, Orosz L (2007) Identification of differentially expressed genes in the developing antler of red deer Cervus elaphus. Molecular Genetics and Genomics 277(3): 237-248. doi: 10.1007/s00438-006-0193-x

 

blog

 

Copyright 2011 Alkalmazott Vad és Haszonállat Genomikai Csoport.
Templates Joomla 1.7 by Wordpress themes free